計算が幾分か複雑になるのは，「何日」の部分に閏年が含まれている場合です。
この場合も，発想自体は同じで，「何年」＋「何日」を計算し，「何日」の部分については年数に計算しなおすこととなります。
ただし，閏年が含まれる場合だと，「何日」の部分を年数に計算しなおす際に，「日数÷３６５日」で計算する部分と「日数÷３６６日」で計算する部分とに分けて計算する必要が生じます。
つまり，「何年」＋「何日（閏年を含まない部分）」＋「何日（閏年を含む部分）」に分けて考える必要があるということになります。
具体的には，以下のとおりです。

元本１００万円，遅延損害金５％
平成２２年６月３日から平成２４年３月２日までの場合
　⇒　年に満つる期間
　　　平成２２年６月３日から平成２３年６月２日までの「１年」
　⇒　年に満たない期間
　　　平成２３年６月３日から平成２４年３月２日までの「２７４日」
　　　ただし，
　　　　⇒　閏年を含まない部分
　　　　　　平成２３年６月３日から平成２３年１２月３１日までの「２１２日」
　　　　⇒　閏年を含む部分
　　　　　　平成２４年１月１日から平成２４年３月２日までの「６２日」

この場合，「１年」＋「２１２日（閏年を含まない部分）」＋「６２日（閏年を含む部分）」の遅延損害金の額は以下の通りです。
　⇒　年に満つる期間
　　　１００万円×５％×１年＝５万円
　⇒　年に満たない期間（閏年を含まない部分）
　　　１００万円×５％×（２１２日÷３６５日）＝２万９０４１円
　⇒　年に満たない期間（閏年を含む部分）
　　　１００万円×５％×（６２日÷３６６日）＝８４６９円
　⇒　結論
　　　８万７５１０円

このように，丁寧に計算をすれば，遅延損害金の額を算定することができます。
もっとも，弁護士の仕事は，たいていが文字を扱う仕事ですので，いざ数字を扱うとなると，「丁寧に計算する」という作業が大変だったりします。

なお，計算結果を切り捨てるか四捨五入するかについて，様々な考え方があるところですが，謙抑的なスタンスに立てば，切り捨てをすることになるものと思います。