相手方が預貯金の払戻を行う前に遺留分減殺請求訴訟を行う場合については，誰を被告にすべきかにつき，悩ましい問題が生じます。

遺留分の制度の理屈からいうと，遺留分を侵害する限度において，請求する側が預貯金等を取得することとなります。
そして，相手方が預貯金等を払い戻していない場合は，預貯金等が金融機関等に残されたままになっているわけですから，請求する側は，金融機関等に対し，預貯金等のうち，遺留分に相当する分の払い戻しを請求すべきであるということになりそうです。
ただ，請求のされた銀行の側は，相続問題自体には何らの関与のしていないわけですから，遺留分減殺請求をされたところで，事情が分からないと答えるしかないと思います。
特に，遺留分を請求する側か，される側に対する生前贈与があるとの主張がなされており，遺留分が単純に法定相続分×２分の１か３分の１にならない場合は，裁判所が生前贈与の有無を判断しなければならないですが，銀行は，通常，生前贈与があったかどうかについての情報を何も持っていません。
結局，遺言で財産を受け取ることとなった相続人が，実際の紛争の相手方になるわけですから，遺言で財産を受け取ることとなった相続人を呼ばなければ，裁判を進めることができないということになるのです。
このため，銀行を被告として遺留分相当額の預貯金の払戻請求を行った場合には，遺言で財産を受け取ることとなった相続人を訴訟手続に参加させる手続が取られることとなるのです。

このように考えて行くと，そもそも，最初から，銀行を被告として預貯金の払戻請求をするのではなく，遺言で財産を受け取ることとなった相続人を被告として裁判をした方が，早いのではないかという気持ちになってきます。
実際，預貯金が払い戻されていない場合であっても，遺言で財産を受け取ることとなった相続人を被告とし，預貯金の遺留分相当額の支払請求をするとの内容の訴訟がなされている例もあるようで，そのまま判決に至っている例も散見されます。
遺留分の制度の理屈からすると，しっくり来ない部分ですが，紛争の実体からすると，こちらの方がむしろ自然であるように思います。

私自身，弁護士になってから，何度か，預貯金が払い戻されていない事案で，遺言で財産を受け取ることとなった相続人を被告として訴訟をしたことがあります。
今のところ，裁判所から，この点で指摘を受けたことがないですが，類似する事案になった場合には，その都度，疑問を感じつつも，手続を進めている部分です。

遺留分減殺請求の効果について，もう一つ悩ましいのは，相手方が預貯金等の払い戻しの手続を完了していない場合です。

相手方が預貯金等の払い戻しを完了していない場面は，実務では，思いのほか多いです。
たとえば，相手方が預貯金等の存在を失念している場合があります（農協の定期積金，建物更生共済等の見逃しが多いように思います）。

他にも，預貯金以外の財産があまりない場合，相手方が預貯金等の払い戻しを行ってしまうと，後日，遺留分減殺請求をしたとしても，相手方が払戻金を使い切ってしまい，遺留侵害額に相当する金銭を取り戻せるかどうかが不安になることがあります。
この場合，相手方が遺言に基づき預貯金等を払い戻す前に，金融機関等に対し，相手方の払い戻しに応じないでほしいとの内容の通知書を送付することがあります。
金融機関等は，遺留分減殺請求を行った側からの通知があると，払い戻しを行わないという対応を取ることもあるようです（遺言執行者からの払い戻しについて，事業承継協議会事業承継関連相続法制検討委員会で，同内容の検討がなされているようです）。